xubuntu 13.10(おそらくubuntu系列ならば同様であろう)にCUDA 5.5をインストールする手順を説明します．
(一部未確認部分あり)
参考となるサイト
http://docs.nvidia.com/cuda/cuda-getting-started-guide-for-linux/
ダウンロード
ここではインストール対象となる環境はxubuntu 13.10 64bitとする．
(x)ubuntu 13.10用のパッケージは用意されていないため， https://developer.nvidia.com/cuda-downloads からcuda_5.5.22_linux_64.runを，
http://www.nvidia.co.jp/Download/index.aspx?lang=jp から NVIDIA-Linux-x86_64-331.38.run を，それぞれダウンロードする．バージョンは2014/2/13現在．
準備
カーネルのソースコード
sudo apt-get install linux-source
cd /usr/src
sudo tar jxf linux-source-3.11.0.tar.bz2
sudo ln -fs linux-source-3.11.0 linux
最後のシンボリックリンクが必要かどうかは未検証．
開発環境
sudo apt-get install build-essential g++ freeglut3-dev libxmu-dev libxi-dev
gccおよびg++のバージョンが4.6である必要がある．
ubuntu 13.10では4.8が導入されるので，4.6は明示的に導入する．
sudo apt-get install gcc-4.6 g++-4.6
4.6と4.8を切り替えられるようにする．
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.6 10
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.8 20
sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-4.6 10
sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-4.8 20
バージョンの選択は以下のコマンドで行うことができる．
sudo update-alternatives --config gcc
sudo update-alternatives --config g++
インストール
インストールの方針
作業はXを落とした状態(コンソールのみ)で行う．
CUDAのパッケージ内にもグラフィクスドライバは含まれているのだが，
バージョンが古い(317)ためカーネル3.11に対応していない．
グラフィクスドライバは最新の331を入れる．
331を入れる場合でも，パッチが必要と書かれているサイトもあるが，
331.38は必要無い模様．
以下の手順で行う．
- コンソールでの作業に移行
- 古いドライバを削除
- グラフィクスドライバをインストール
- CUDAをインストール
コンソールでの作業に移行
xubuntuの場合:
sudo /etc/init.d/lightdm stop
sudo stop lightdm でも可
ディストリビューションに合わせて，lightdm→gdmなど，適宜読み替える．
alt+F1でコンソールに切り替える．
ログインする．
文字化けを避けるため，環境変数LANGをCに設定する．
export LANG=C
古いドライバを削除
nvidiaのパッケージの名前を確認する．
いくつか方法がある．
dkpg --get-selections | grep nvidia
dpkg-query --show | grep nvidia
dpkg -l | grep nvidia
下の方ほど，得られる情報量が多い．
nvidiaのパッケージを削除する．例えば以下のようになる．
sudo apt-get --purge remove nvidia-319-updates
sudo apt-get --purge remove nvidia-settings-319-updates
グラフィクスドライバのインストール
/etc/modprobe.d/blacklist.conf に以下を追加する．
blacklist nouveau
以前は以下も追加していたが，不要なようだ．
blacklist vga16fb
blacklist rivafb
blacklist nvidiafb
blacklist rivatv
パッケージを実行する．
sudo sh NVIDIA-Linux-x86_64-331.38.run
質問にはそれぞれ適切に答える．
再起動する．
sudo reboot
cudaのインストール
nvidiaのドライバがインストールできてXが立ち上がっていれば，ターミナルで作業をしても問題ない．
パッケージを実行する．
sudo sh cuda_5.5.22_linux_64.run
長いlicense terms and conditionsは'q'で途中終了できる．
グラフィクスドライバはインストールしない．
PATH /usr/local/cuda-5.5/bin
/etc/environment のPATHの設定に足す．
この設定が反映されるためには，一度ログアウトする必要がある．
ダイナミックリンクライブラリがあるディレクトリを教える．
/etc/ld.so.conf.d/cuda.conf を以下の内容で作成する．
/usr/local/cuda-5.5/lib64
/lib
sudo ldconfig
サンプルプログラムをコンパイルして，正しくコンパイルできるか，および，動作しているか，確認する．適当なサンプルプログラムのディレクトリに入り，makeすれば実行ファイルが作成される．
